在解决邪恶组织之后，为了正当推广爆丸，并使其有正确认知，因此爆丸战士成员在朋友的建议下，便开设网络交流系统，以期提供多人切磋技能，原本是值得高兴，只是在一年后的某一日，爆丸战士成员与其玩家相互切磋时，因为使用技能失误，而意外进入某个不知名的世界，虽然只有短暂数秒时间，但也惊讶看到，该世界正计划侵略爆丸战士所居住的地方。

为此爆丸战士便希望能在最短时间内能找出与该不知名世界对抗方法，其后为结束因为侵略而引发的爆丸战争，一众爆丸战士更前往未知的空间与未知的敌人战斗……